Năm 757, Thiên hoàng Koken bổ nhiệm ông làm thái tử thay vì chọn hoàng tử Funado theo chiếu chỉ của Thiên hoàng Shōmu.  Trong năm thứ mười của mình, vào ngày 07 tháng 12, 758 (Tenpyō-shōhō 2, ngày 1 của tháng 8), Thiên hoàng Kōken thoái vị và nhường ngôi cho cháu mình - lên ngội hiệu là Junnin. Cùng năm này, Thiên hoàng ban cho Fujiwara no Nakamaro tên mới là Emi no Oshikatsu. Nhưng sự xuất hiện của viên sư thầy Phật giáo là Dokyo do Thái thượng hoàng triệu vào cung đã làm quan Emi và Dôkyô có một quan hệ đối lập. Năm 764 (Tenpyô Hôji 8), Emi Oshikatsu bèn cử binh mưu phản nhưng bị đánh dẹp và chết. Sử chép đó là cuộc loạn Emi Oshikatsu.

Năm 760, Thiên hoàng Junnin ban hành đồng tiền mới có tên Mannen Ten-hō. Nó có hai loại: đồng bạc (Teihei Genhō) và đồng vàng (Kaiki Shōhō).

Năm 764, Junnin bị cựu Thiên hoàng là Kōken phế truất. Ông sống lưu vong và qua đời ngày 10/11/765.

Kugyō

Taishi: Fujiwara Oshikatsu

Taihō: Fujiwara Oshikatsu.

Thái Chính đại thần: Fujiwara Oshikatsu.

Tả đại thần: Fujiwara no Toyonari (藤原豊成).

Hữu đại thần: Fujiwara no Toyonari (藤原豊成)

Nội đại thần: (không chỉ định)

Đại nạp ngôn